​La levée du couvert végétal peut être entravée par des conditions météo défavorables même s'il a été semé dans des conditions optimales et avec une technique adéquate. Dans ce cas, des plantes indésirables (mauvaises herbes ou néophytes) vont se développer. Elles devront être combattues par une coupe de nettoyage, un traitement phytosanitaire ou un nouveau semis.​

En règle générale, le risque d'apparition de plantes indésirables  sur un tas de matériaux terreux B est plus élevé que pour un tas de matériaux terreux A.​

Il y a obligation légale de combattre certaines plantes dommageables pour l'agriculture (par ex. chardons) ou dangereuses pour la santé (par ex. ambroisie). Les règles et techniques d'entretien décrites dans le classeur "fiches grandes cultures​​​" (AGRIDEA) ou sur le site Info Flora s'appliquent également à l'entretien des andains. Les stations cantonales de protection des plantes peuvent aider à identifier ​​​les plantes indésirables et proposer une méthode de lutte également.

L'entretien des andains fait implicitement partie des règles de bonnes pratiques prévues dans la norme SN 640 581​​​.​​

L'entretien des andains consiste en des opérations complexes nécessitant des engins spécialisés ou la détention d'un permis de traiter. On aura donc recours à des mandataires spécialisés (agriculteurs, paysagistes,...) pouvant fournir une prestation conforme à la protection des sols sur chantier.